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薄层色谱可用于快速比较组分和反应进程。内标法通过加入已知参照物改善定量可靠性。加标回收实验可以检查部分基质与操作影响。仪器读数的小数位数不等于真实测量准确度。样品污染可能产生看似显著的假阳性结果。交叉污染能够在不同样品之间转移目标物。平行样分析帮助评估取样和测量的重复性。分析结论应明确目标组分与所用测量方法。