构造异构来自原子连接顺序或位置不同，碳骨架的连接方式决定许多有机物类别

有机物名称需要表达主骨架与取代基位置。系统命名能够减少俗名带来的结构歧义。烷烃主要由碳碳单键和碳氢键构成。饱和烃的碳骨架不含碳碳多重键。烯烃含有至少一个碳碳双键官能结构。炔烃含有碳碳三键并具有不同反应特征。芳香烃具有苯环等特定芳香性结构。烃是组成元素仅包含碳和氢的一类有机化合物。

亲水基团可以提高某些有机物与水的相容性。卤代烃中部分氢原子被卤素原子替代。醇的羟基连接在饱和碳原子等相应位置。酚的羟基直接连接于芳香环结构。醚通常具有氧原子连接两个碳基团的结构。醛含有位于特定端位的羰基结构。酮分子中的羰基碳通常与两个碳基团相连。羧酸以羧基作为主要酸性官能结构。

甲烷是仅含一个碳原子的最简单饱和烃。乙烯是重要的基础化工原料与植物信号分子。乙炔的碳碳三键可以参与多种加成反应。苯分子的稳定性与电子离域存在联系。有机溶剂的挥发性受到分子间作用影响。有机物对水的溶解性会随分子结构显著变化。乙醇与水能够在通常条件下相互混溶。较长烃链往往增强分子的疏水特征。

燃烧产物分析可以辅助推断有机物元素组成。分子式相同的物质可能具有截然不同的气味。天然来源与人工合成并不决定分子是否相同。有机物名称中的酸字不代表酸性一定很强。含碳物质并非都能够被生物轻易降解。官能团分类有助于归纳典型化学反应。有机反应选择性受到空间与电子效应影响。结构相近的分子也可能具有明显不同的活性。