分子钟推断依赖替代速率与校准条件，奠基者效应发生于少数个体建立新群体时，个体适应环境不等同于种群发生遗传演化

分子钟推断依赖替代速率与校准条件。地理隔离可以促进群体之间的遗传分化。生殖隔离包括受精前与受精后的多种机制。物种形成不一定始终需要明显地理屏障。多倍化在部分植物物种形成中较重要。适应辐射使谱系迅速分化并利用不同生态位。灭绝是生命历史中反复发生的自然过程。

大规模灭绝会深刻重组全球生态系统。存活下来的类群也受到偶然历史因素影响。协同演化来自相互作用物种之间的选择反馈。不同演化机制可以同时作用于同一群体。演化速率会随环境与遗传条件发生变化。演化上的新结构常借用已有结构与调控网络。演化历史包含分化融合和水平转移等过程。适应性解释需要比较替代假说与实际证据。

人类与现代其他类人猿共享较近共同祖先。同源结构来自共同祖先的相应结构。同功结构可能具有类似功能却来源不同。趋同演化使不同谱系形成相似适应特征。退化结构仍然可能保留部分功能。化石记录保存不完整但提供重要演化证据。过渡化石具有不同类群相关特征的组合。分子序列比较能够帮助重建谱系关系。

分裂选择可以偏向性状分布的两端。平衡选择能够维持群体中多种等位基因。性选择可能形成不利于逃避捕食的显著特征。人工选择通过人为繁殖偏好改变群体特征。共同祖先关系为生命多样性提供统一解释。系统树表示不同谱系分化的假说关系。树枝末端的现生物种并非彼此的直系祖先。