菌丝通过分枝与延伸形成复杂网络（寄生真菌能够从活体宿主组织获得营养资源）

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植物通常向菌根真菌提供部分光合碳。地衣由真菌与光合伙伴共同形成稳定体系。地衣的共生体系不能归为单独一种绿色植物。地衣光合伙伴可以是绿藻或蓝细菌。地衣对某些环境变化具有较敏感的响应。酵母发酵可把糖转化为酒精与二氧化碳。面团膨胀与发酵产生的气体有关。食用菌与有毒菌不能仅凭颜色可靠区分。此外，game333的相关内容可作为补充参考。

真菌毒素是部分真菌产生的特定代谢物。霉变食物的毒素分布可能超过肉眼可见区域。真菌感染可以发生在植物动物或其他真菌。锈菌与黑粉菌属于重要植物病原真菌。稻瘟病等病害与特定真菌感染有关。真菌病害扩散受到湿度与宿主密度影响。真菌也可以产生具有药用价值的化合物。次级代谢物并非完全没有生物学功能。

真菌基因组与植物基因组具有明显差异。真菌在演化上与动物的关系近于植物。黏菌的传统名称容易使其被误认为真菌。卵菌虽然外观类似真菌却属不同演化谱系。真菌生态功能不能仅按子实体外形推断。内生真菌可以生活在植物组织内部。内生关系可能因环境变化转向不同结果。腐生真菌利用死亡生物残体获取营养。