地下菌丝体通常比可见子实体分布更广-真菌细胞壁常含几丁质与其他多糖-真菌繁殖可形成有性或无性孢子

真菌毒素是部分真菌产生的特定代谢物。霉变食物的毒素分布可能超过肉眼可见区域。真菌感染可以发生在植物动物或其他真菌。锈菌与黑粉菌属于重要植物病原真菌。稻瘟病等病害与特定真菌感染有关。真菌病害扩散受到湿度与宿主密度影响。真菌也可以产生具有药用价值的化合物。次级代谢物并非完全没有生物学功能。

真菌基因组与植物基因组具有明显差异。真菌在演化上与动物的关系近于植物。黏菌的传统名称容易使其被误认为真菌。卵菌虽然外观类似真菌却属不同演化谱系。真菌生态功能不能仅按子实体外形推断。内生真菌可以生活在植物组织内部。内生关系可能因环境变化转向不同结果。腐生真菌利用死亡生物残体获取营养。

真菌繁殖可形成有性或无性孢子。真菌孢子与细菌芽孢具有不同生物学意义。霉菌是具有丝状生长形态的一类真菌统称。霉菌颜色通常与孢子和其他结构有关。真菌参与枯落物分解和生态系统养分循环。部分真菌能够降解较难利用的木质结构。菌根是真菌与植物根形成的共生体系。菌根真菌可以帮助植物获取水分与矿质营养。