辅因子包括参与酶功能的离子或有机组分，蛋白质结构与功能之间存在复杂联系

蛋白质变性不等同于必然完全分解。部分蛋白质可以在合适条件下重新折叠。淀粉样纤维由特定蛋白质异常聚集形成。朊病毒涉及可传播的异常蛋白构象状态。无序蛋白区域也可以具有重要调控功能。蛋白质结构并非永远保持完全僵硬不动。结构域常对应具有一定独立性的折叠单元。蛋白质复合体通过亚基协作完成复杂功能。蛋白质相互作用网络随细胞状态发生变化。

蛋白质磷酸化可以改变活性或相互作用。激酶通常催化磷酸基团转移给底物。磷酸酶能够移除底物上的相应磷酸基团。受体蛋白帮助细胞感知特定环境信号。膜受体可把外部信号转化为内部响应。离子通道控制特定离子跨膜流动。通道开放概率可以受电压或配体调节。载体蛋白通过构象变化运输特定物质。

蛋白质的一级结构指氨基酸排列顺序。二级结构描述局部主链的规则折叠方式。阿尔法螺旋由主链内部氢键帮助稳定。贝塔折叠由相邻链段之间的作用维持。三级结构描述单条多肽整体的空间构象。四级结构涉及多个亚基形成的组合方式。并非所有蛋白质都具有多个独立亚基。蛋白质结构与功能之间存在复杂联系。

最适温度依赖酶来源与具体测量条件。底物浓度升高时酶反应可能逐渐接近饱和。米氏常数与酶反应模型中的动力学参数有关。米氏常数不能在所有情况下直接等同结合常数。竞争性抑制物与底物竞争相关结合过程。非竞争性等抑制类型具有不同动力学特征。变构调节通过其他结合位点影响酶功能。反馈抑制常由代谢终产物抑制前段反应。